Al final del milenio, la batalla decisiva para el futuro de los humanos se va a disputar. El destino de Kamui Shirou ha sido decidido mientras regresa a Tokyo para enfrentarse a su desafio final. Los Dragones del Cielo, defensores de la tierra, se quedarán para proteger el mundo de los Dragones de la Tierra, los siete ángeles legendarios, los cuales desean la devastación del planeta para purificarlo. Ahora Kamui debe decidir de que lado luchar pero encontrará la idea completamente desapetecible. No lo decidirá hasta que dos amigos suyos de la infancia, Fuma and Kotori Monou, corran grave peligro. En ese momento, Kamui dará el paso hacia el lado que le está predestinado en la culminante lucha del año destinado: 1999.

Estamos en un futuro lejano, hace mucho que la Humanidad abandonó la Tierra y vive en el espacio. Shion Uzuki, un miembro de élite de Vector, se ve arrastrado a una lucha por la búsqueda de una misteriosa fuente de energía, debido a un ataque a su nave por parte de los Gnosis. Los Gnosis son una raza alienígena de la que apenas se sabe nada, aparte de que tienen forma fantasmagórica. Aunque, por suerte, Shion no tendrá que enfrentarse sólo a todo esto. Le acompañarán su creación, KOS-MOS, el exterminador de Gnosis definitivo; MOMO, una Realian observadora con la forma de una niña pequeña; Ziggy, un humano que decidió continuar su vida en forma robótica; CHAOS, un chico joven y misterioso capaz de destruir a los Gnosis; y JR, un miembro de la 'Fundación Kukai', que se encargará de la salud de Shion durante el viaje.

Kimihiro Watanuki es un chico que podría parecerte de lo más corriente... pero que tiene una característica muy especial: desde pequeño, tiene la habilidad de ver espíritus, y lo que es más, parece que estos sienten una especie de extraña atracción por él y se tiran todo el día pegados al pobre muchacho. Un día, ¿por casualidad?, se topa con una tienda nada convencional, y con su dueña, Yuuko Ichihara. La misteriosa mujer dice vender cualquier deseo a cambio de un pago con algo del mismo valor. ¿Podrá concederle a nuestro amigo Wata la posibilidad de librarse de esos espíritus de una vez por todas?

Prosiguen las aventuras y los extraños sucesos en torno a Kimihiro Watanuki, quien aún continúa pagando a la misteriosa, caprichosa y poderosa bruja Yuuko Ichihara para que su deseo de dejar de ver a espíritus y seres paranormales se haga realidad. Pero sus encuentros con diversos entes, seres y personas marcarán el principio de un cambio de vital importancia que Watanuki deberá atesorar con vistas al futuro. Los vínculos con la alegre Himawari Kunogi y, sobre todo, con el serio Shizuka Doumeki, se estrecharán cada vez más, y las preguntas acerca de su propia existencia se irán haciendo cada vez más frecuentes...