La película está situada seis meses después de la partida de Atem. Yugi Muto y sus amigos continúan con sus vidas normales y ya piensan en su futuro después de su graduación. Sin embargo, una persona aún no puede olvidar el pasado: Seto Kaiba. A pesar de los grandes avances que ha hecho en el Duelo de Monstruos, Kaiba no puede olvidar a la persona que desea derrotar y en un intento por volver a enfrentarlo hace algo impensable y ordena a sus hombres desenterrar las piezas del Rompecabezas del Milenio. Mientras tanto, un misterioso joven llamado Aigami llega a la clase de Yugi. Todo comienza en la estación espacial de la Corporación Kaiba, donde Seto Kaiba observa una reconstrucción virtual del Rompecabezas del Milenio. Mientras tanto, en Kul Elna, el santuario del inframundo está siendo excavado por la Corporación Kaiba.