A través de la distorsión de larga distancia llamada “Proyecto Exodus”, Worns, Ryer y los otros miembros de la tripulación del Watchers Nest intentan huir de la Tierra. Misaki, que en ese momento estaba en la batalla final contra “Ghoul”, ve ante sus ojos como la tierra cambia y es encerrada por una barrera de tiempo.
Ryer y los demás buscan cómo escapar del laberinto espacio/tiempo, pero la Tierra cambia a varias formas, incontables “presentes” surgen de los cambios en los ejes del tiempo.
Delante de Ryer y los otros miembros de la tripulación, aparecen diversas formas de Misaki. La Misaki de la escuela de entrenamiento, la Misaki de la infancia...
¿Son estos reflejos de Misaki causados por sus conflictos interiores? Cuando despierta por segunda vez y obtiene la respuesta, la historia está cogiendo un rumbo totalmente diferente.
¿Serán capaces de encontrar Misaki, Ryer y sus compañeros el verdadero final feliz?