El Bakumatsu fue una era en la cual el alma de los jóvenes guerreros ardía por la ansiedad del futuro de su pueblo. Takasugi Shinsaku, un joven soldado, aborda una embarcación junto con su compañero Katsura Kogorou en busca de una misteriosa "Pieza del tiempo", capaz de controlar el flujo del tiempo. Más que usarla para su propio beneficio, Takasugi tiene planeado destruirla.
Cuando logran conseguirla rápidamente les es robada, lo que obligará a este par a perseguir a un misterioso ladrón, quien probablemente tenga más de un aliado, inlcuido el gobierno. Las calles y la gente de la ciudad donde crecieron, ahora es muy diferente de como la recordaban.
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Precuela: Bakumatsu: Ren`ai Bakumatsu Kareshi Gaiden