La batalla por la sucesión que continuó durante tres generaciones de shogun en la era Keichou culminó en una espantosa batalla de artes ninja entre los clanes Kouga e Iga. En medio de una lluvia de pétalos de flores, un hombre y una mujer que habían decidido vivir por amor se separaron una vez más, hermosos en su fugacidad.
Sin embargo, se dice que, de la mano del hijo adoptivo de Hattori Hanzo, Kyouhachirou, estos dos pétalos de flores, ya sea temporal o permanentemente, recibieron vida nuevamente y dejaron dos recuerdos atrás. Estos niños, nacidos con un destino propio, se llamaban Kouga Hachirou e Iga Hibiki. El primero tenía ojos como el de su padre, y el último tenía ojos como los de su madre.
Ahora es la era Kan'ei, y la tierra está en paz. A medida que los ninjas comienzan a desaparecer en las sombras después de ser considerados innecesarios, los clanes Kouga e Iga piden un favor a Hachirou y Hibiki con la esperanza de reforzar sus cimientos.
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