En el futuro, la Tierra está en ruinas y la humanidad sobreviviente reside en una fortaleza móvil llamada Plantation.
Los pilotos producidos dentro de Plantation viven en Mistilteinn, también conocida como la "jaula de pájaros". Los niños viven allí sin saber nada del mundo exterior o la libertad del cielo. Sus vidas consisten en luchar para llevar a cabo misiones. Sus enemigos son formas de vida gigantes misteriosas conocidas como Kyōryū, y los niños robots piloto llamados Franxx para enfrentarlos. Para los niños, montar el Franxx demuestra su existencia.
Un niño llamado Hiro se llama Código: 016, y una vez fue conocido como un prodigio. Sin embargo, se ha retrasado y su existencia parece innecesaria. No pilotear un Franxx es lo mismo que dejar de existir. Un día, una misteriosa chica conocida como "Cero Dos" aparece ante él. Dos cuernos salen de su cabeza ".
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