En el año 2999 la humanidad se ha dividido en dos bandos, Terra y Ness, en una guerra entre naves espaciales. Uno de los mejores pilotos es la atrevida adolescente Yamamoto Yohko, y durante una de sus misiones, ella y sus compañeros son absorbidos por una anomalía temporal que los envía atrás en el tiempo hasta nuestra época. Debido a la amnesia, sólo piensa en ella misma como una típica estudiante de instituto, hasta que una serie de acontecimientos la envía de vuelta a su nave, la TA-29, con sus nuevos amigos luchando a su lado en una guerra que parece sacada de un videojuego.