En la ciudad de Nishitamashi se va a inaugurar un edificio con forma de torres gemelas, con 75 plantas de alto que hacen que desde el suelo parezca que han de alcanzar el cielo. Al reconocer las torres mientras vuelven de un campamento escolar, Conan y los pequeños detectives deciden verlas de cerca. En el edificio se encuentran con Kogoro, Ran y Sonoko por casualidad. Resulta que la presidenta del Tokiwa Group, Mio Tokiwa, y Kogoro eran viejos compañeros de la universidad, y la mujer había invitado a Kogoro para enseñarle el edificio el día antes de ser inaugurado. Uniéndose a ellos, Conan y el resto de niños se escapan del tour guiado por Mio y van hasta el último piso para ver la maravillosa vista de la ciudad. Pero algo va mal para Conan. Dos trabajadores están hablando y dicen que hay un coche sospechoso delante del edifico, un Porsche 356A negro... un coche como el de Gin, de la asociación de los Hombres de Negro ("Kurozukume"). ¿Por qué tendrían que estar interesados en ese edificio?
Todo se empieza a enmarañar cuando esa noche es asesinado Ooki Imawatsu, concejal de la ciudad y una de las personas más implicadas en el proyecto de las torres gemelas. El asesinato por apuñalamiento se produce en una de las suites del hotel situado en la torre B. ¿Quién ha matado a Ooki? ¿Podría ser que los Hombres de Negro estén implicados en el asunto? Además, el comportamiento de Haibara es extraño. Mientras estaban en el campamento, Genta la pilló haciendo una llamada bien entrada la noche. ¿A quién llamaba y qué le dijo? ¡Sólo Conan Edogawa puede resolver los misterios que se ocultan entre ambos edificios!