Yumi y Kyo son los niños que han sido seleccionados para participar en una misión super secreta, ser los pilotos de las primeras unidades de combate Fafner; la última posibilidad de supervivencia para la raza humana. El enemigo es despiadado, implacable y es capaz de leer las mentes de la gente. Por lo tanto, los detalles de esta misión son mantenidos en secreto hasta para el personal implicado. Los jóvenes pilotos deben usar todo su coraje y la fe para sobrevivir y completar su misión o el destino de humanidad estará comprometido.